INTER MICRO projektový den

• Kdy: 8. února 2024
• Kde: Kinosál Fyziologického ústavu AV ČR, Vídeňská 1083, Praha 4
  ZOOM link: https://cesnet.zoom.us/j/94572898519

PROGRAM:

• KICK OFF meeting INTER MICRO (in English)
  
  • 9:00-9:15 General introduction (J. Jansa, T. Pěnek)
  • 9:15-9:25 Presentation of WP1 team and program (J. Kamanová)
  • 9:25-9:35 Presentation of WP2 team and program (F. Štěpánek)
  • 9:35-9:45 Presentation of WP3 team and program (M. Schwarzer)
  • 9:45 – 9:55 Presentation of WP4 team and program (P. Kohout)
  • 10:00 – 10:20 Cofee break
• SEKVENOVÁNÍ OD A DO Z (vzdělávací seminář pro projektový tým i odbornou veřejnost v češtině)
  • 10:20 – 12:20 Sekvenační technologie – minulost, přítomnost, budoucnost
    Zavedení masivní paralelní sekvenace přineslo velké změny jak ve výzkumu, tak v diagnostice. Sekvenování vybraných genů do velké hloubky, umožnilo detekovat somatické mutace a progres některých typů nádorů, odhalovat genetické choroby nebo analyzovat mikrobiomy a odhalit tak nepředstavitelnou diverzitu bakteriálního světa. Během přednášky budou představeny jednotlivé sekvenační technologie druhé i třetí generace sekvenování. V rámci celistvosti přehledu budou zmíněny všechny metody, které byly komerčně dostupné, ale přednáška se zaměří zejména na metody nové, které se právě objevují na trhu. Budou zmíněny principy metod, vliv použité technologie na analýzu, ceny dostupných technologií i jejich klady a zápory. Součástí bude i diskuze, lze si dopředu připravit případné dotazy k sekvenačním platformám a vyměnit si uživatelské zkušenosti.
  • 12:20 – 13:15 Oběd (lze využít dvě kantýny v areálu výzkumných ústavů v Krči)
  • 13:15 – 15:00  Výzkum mikrobiomu – jak postupovat a co je nového
    Výzkum mikrobiomu klade před vědce nejednu překážku. Na rozdíl od sekvenací jednotlivých genomů je zde výsledek ovlivněn celou řadou faktorů od metody odběru vzorku po bioinformatické vyhodnocení. Přednáška představí několik možných strategií, jak připravit knihovnu pro geny 16S rRNA i pro celometagenomové knihovny. Důraz bude kladen na používání pozitivních a negativních kontrol, které jsou stále častěji vyžadovány při publikaci výsledků. Zmíněna bude i problematika vzorků s nízkou náloží bakteriální DNA. Diskuse s vlastními zkušenostmi vítána.
  • 15:00 – 16:00 Panelová diskuse – problémy reproducibility a komparability sekvenačních projektů, nastavení pravidel v projektu OP JAK INTER-MICRO

Přednáší

Petra Vídeňská, Ph.D. vystudovala obor Mikrobiologie na Masarykově univerzitě, kde v roce 2014 získala titul PhD, kdy jejím tématem byl střevní mikrobiom hospodářských zvířat. Její expertízou je zejména sekvenování nové generace, které využívá v mikrobiomových studiích. Po ukončení studií pracovala jako aplikační specialista pro sekvenační přístroje Illumina, a následně jako vedoucí sekvenační a výzkumné laboratoře IAB. Posléze působila jako vedoucí skupiny Mikrobiom na Masarykově univerzitě v RECETOXu. Zde se zaměřovala na výzkum rozvoje střevního a orálního mikrobiomu u dětí, ale spolupracovala i na projektech studia mikrobiomu a jeho vlivu na různá onemocnění, jako je např. rakovina tlustého střeva. Nyní se věnuje zejména pedagogické činnosti na Mendelově univerzitě v Brně, kde bude dále rozvíjet mikrobiomová témata v souvislosti s agronomií. 

S potěšením oznamujeme oficiální zahájení našeho ambiciózního projektu INTER-MICRO – „Mluvíme s mikroby – porozumění mikrobiálním interakcím v konceptu One Health“, který je poběží od 1. ledna 2024 a bude pokračovat do 30. června 2028.

Cílem projektu INTER-MICRO je dosáhnout zásadního pokroku v chápání komunikace uvnitř mikrobiálních společenstev a mezi mikroby a jejich hostiteli. K dosažení tohoto ambiciózního cíle bude projekt využívat odborných znalostí z různých oborů (především biologie a chemie) a různých oblastí výzkumu v rámci jednotlivých oborů, jako je obecná mikrobiologie, mikrobiální fyziologie a ekologie, imunologie, biochemie, molekulární biologie, organická chemie a chemické inženýrství, a to vše za podpory pokročilých biochemických, mikroskopických, molekulárně biologických a bioinformatických odborných znalostí a infrastruktur. To umožní dosáhnout bezprecedentních poznatků o komunikaci a interakcích mezi samotnými mikroby a mikroby a jejich eukaryotickými hostiteli. Zejména budou zkoumány mechanismy a regulace přeprogramování mikrobiálních buněk při kolonizaci hostitele a principy vzniku mikrobiálních společenstev, jejich složení a funkce, resistence a odolnost vůči faktorům prostředí s využitím různých experimentálních modelů včetně živočišných, rostlinných a houbových hostitelů.

Projekt je realizován v konsorciu tří špičkových výzkumných institucí pod vedením Mikrobiologického ústavu AV ČR, v.v.i. Partneři jsou Vysoká škola chemicko-technologická v Praze a Univerzita Karlova. Projekt, který koordinuje Jan Jansa, je financován MŠMT ČR v rámci Programu Jan Amos Komenský OP JAK a spolufinancován Evropskou unií EU (referenční číslo CZ.02.01.01/00/22_008/0004597).

12. září 2023 se konal v zahradách Mikrobiologického ústavu AV ČR neformální Kick-off meeting, který odstartoval projekt INTER-MICRO: Mluvíme s mikroby – porozumění mikrobiálním interakcím v konceptu One Health. Projekt INTER MICRO představuje komplexní snahu, do které jsou zapojeny různé vědecké skupiny ze tří institucí. Vzhledem k náročnosti projektu nejen z hlediska vědeckého výzkumu, ale i administrativní podpory, jsme již od začátku kladli důraz na vytvoření pozitivního a přátelského pracovního prostředí. Setkání se konalo v příjemném duchu domácí párty s grilováním, které spojilo vědce, studenty a administrativní profesionály. Tato rozmanitá skupina bude společně pracovat na řešení výzev v oblasti po dobu čtyř let, od 1. ledna 2024. Vytvoření pevného základu spolupráce je klíčové pro úspěch projektu této velikosti. Setkání umožnilo členům týmu navázat kontakty, sdílet nápady a nastavit pozitivní tón pro nadcházející roky. Pravidelné zprávy o projektu budou zveřejňovány na našem webu.